ועד המסלקה מסלקת הבנקים (להלן "המסלקה") מנוהלת על ידי ועד המסלקה, המונה 14 חברים, שממנה נגיד בנק ישראל או מי שהוסמך על ידו. מחצית מהחברים הם מקרב עובדי בנק ישראל, ומחציתם - מהמערכת הבנקאית. כל חברי המסלקה פועלים על פי "כללי המסלקה", אשר נקבעים על ידי ועד המסלקה. כללי המסלקה מפורסמים, ומתעדכנים בעת הצורך, באתר האינטרנט של בנק ישראל. בנוסף בשנת 2010 כל כללי המסלקה, הנספחים, הטפסים והתקנים תורגמו לאנגלית, והתרגום פורסם באתר האינטרנט של בנק ישראל. ועד המסלקה מתכנס בהתאם לצורך, ומפרסם אחת לשנה דוח על פעילותו. תפקידו העיקרי של ועד המסלקה הוא הסדרה של העברת הממסרים והסליקות בין הבנקים.